Ratschläge hast du ja schon viele gute bekommen. Was viele wohl gedacht, aber nicht explizit ausgesprochen haben: Red mit deinem Trainer über das Problem.

Viele Trainer machen den Conditioning-Teil extra so, dass er die Leute auslastet. Wenn du da unbegründet "mit halber Kraft rumgurkst", könnte er das als fehlenden Willen auslegen. Dann könnte er weniger Lust haben, dich zu fördern, oder dir extra Übungen geben... beides kontraproduktiv für dich.

Wenn du ihm dein Problem erzählst, kann er dich lockerer trainieren lassen bzw. sagen, inwieweit das bei ihm im Training möglich ist.
Überhaupt ist "Probleme aussprechen" so oft hilfreich ... Vielleicht hat er sogar selbst gute Tipps gegen die Migräne.