Hamer behauptete, die von ihm entdeckte „Neue Medizin“ kenne die Ursachen jeder sogenannten Krankheit und schließe darüber hinaus auch die Therapie mit ein. Sie basiere auf fünf empirisch gefundenen „Biologischen Naturgesetzen“, den sogenannten „Eisernen Regeln“, die auf jeden Fall einer Erkrankung bei Mensch, Tier und Pflanze zuträfen. Er behauptete, diese sei damit eine strenge Naturwissenschaft. Hamers Lehren genügen wissenschaftlichen Ansprüchen nicht und haben keinerlei fachliche Anerkennung gefunden.
Hamer zufolge sei der Auslöser einer jeden sogenannten Krankheit immer ein Biologischer Konflikt, ein Schockerlebnis, das Hamer als DHS (Dirk-Hamer-Syndrom) bezeichnete. Namensgebend war Hamers eigener Schock nach dem Unfalltod seines Sohnes Dirk, in dem Hamer den Grund für seinen späteren Hodenkrebs sah. Hamer postulierte die Möglichkeit einer Diagnosestellung dieses Syndroms durch kreisförmige Hamer-Herde im Gehirn mittels Computertomographie.
Sogenannte Krebs-Erkrankungen seien in Wahrheit sinnvolle biologische Sonderprogramme („SBS“) und an sich bereits ein Teil des natürlichen Heilungsprozesses, der nach dem auslösenden Schockerlebnis beginne. Dieser Heilungsprozess – an dem auch Bakterien, Viren und Pilze beteiligt seien – dürfe nur in Ausnahmefällen durch Medikamente oder Operationen unterstützt werden. In der Behandlung, so behauptete Hamer, komme es vor allem auf den gesunden Menschenverstand an, nämlich darauf, dem Patienten die Zusammenhänge der „Germanischen Neuen Medizin“ zu erklären und die Angst vor der Krankheit zu nehmen, schließlich auf die Konfliktlösung oder Auflösung des Konflikt-Erlebnisses. Dies sei zum Beispiel beim Krebs die Voraussetzung für die natürliche Heilung.
Heilungsversprechen, die von Hamer und seinen Anhängern für bis zu 95 % der Fälle von sogenannten Krebserkrankungen gemacht wurden, haben dazu geführt, dass beeinflusste Krebspatienten und deren Angehörige fest an die Germanische Neue Medizin glauben und Behandlungen im Rahmen der konventionellen Medizin zum Teil kategorisch ablehnen. Um Hamer hat sich in verschiedenen Ländern eine Anhängerschaft gebildet, die die Lehre der GNM intensiv auf Vorträgen, Stammtischen und im Internet auf verschiedenen Homepages und Diskussionsforen verbreitet.[21]
Hamer gehörte auch zu den AIDS-Leugnern. Für ihn wies ein AIDS-Patient dieselben Symptome auf wie ein „Smegma-Allergiker“ nach einem „Smegma-Trauma“.[22] Karies war nach Hamers Theorien ein Konflikt des „Nicht-zubeißen-Könnens“, der entstehe, weil Schulkinder von ausländischen Mitschülern eingeschüchtert würden, und Diabetes bei linkshändigen Frauen das Ergebnis eines Sexualkonflikts.