Bhakdi erhielt für seine Forschungsarbeiten über die Wirkungsmechanismen bakterieller Toxine und von Complementfaktoren 1979 den Preis der Justus-Liebig-Universität Gießen, 1980 den Konstanzer Medizin-Preis, 1987 den Preis der Deutschen Gesellschaft für Hygiene und Mikrobiologie, 1988 den Dr.-Friedrich-Sasse-Preis, 1989 den Ludwig-Schunk-Preis für Medizin.
1989 erhielt er den Robert-Koch-Förderpreis der Stadt Clausthal-Zellerfeld, 1991 den deutsch-französischen Gay-Lussac-Humboldt-Preis.
1999 zeichnete die Deutsche Gesellschaft für Angiologie die Dozentin Mariam Klouche als Vertreterin von Bhakdis Mainzer Forschungsgruppe Atherosklerose mit dem vom Unternehmen Schwarz Pharma gestifteten Angiologischen Preis aus. Anlass war ihr Fachaufsatz Enzymatically modified, nonoxidized LDL induces selective adhesion and transmigration of monocytes and T-lymphocytes through human endothelial cell monolayers. 2001 erhielt Bhakdi den Aronson-Preis für „wegweisende Arbeiten auf dem Gebiet des Komplementsystems und bakterieller Toxine“.
1999 verlieh die Deutsche Gesellschaft für Arterioskleroseforschung Bhakdi den Gotthard-Schettler-Preis, 2005 den W.H. Hauss-Preis, 2009 die Rudolf-Schönheimer-Medaille für seine besonderen Verdienste in der Atheroskleroseforschung. 2005 erhielt er den Verdienstorden des Landes Rheinland-Pfalz.